
芯片推荐:Genome-WideHumanSNPArray6.0芯片介绍:AffymetrixGenome-WideHumanSNP6.0芯片产品涵盖超过1,800,000个遗传变异标志物:包括超过906,600个SNP和超过946,000个用于检测拷贝数变化(CNV,CopyNumberVariation)的探针: 482,000个SNP来自于前代产品500K和SNP5.0芯片; 424,000个SNP包括国际HapMap计划中的标签SNP,X,Y染色体和线粒体上具有代表性的SNP,以及来自于重组热点区域和500K芯片设计完成后新加入dbSNP数据库的SNP; 202,000个用于检测5,677个已知拷贝数变异区域的探针,这些区域来源于多基因组变异体数据库。该数据库中3,182个非重叠片断区域平均用61个探针来检测; 744,000个探针平均分配到整个基因组上,用来发现未知的拷贝数变异区域。 AffymetrixSNP6.0芯片物理覆盖度 芯片推荐:AffymetrixMouseDiversityGenotypingArray芯片介绍:这款芯片与HumanSNP6.0芯片类似,既包含SNP探针,也包含CNV探针。一共涵盖623,000个SNP和916,000个CNV位点。SBC也可为您提供以下物种的AffymetrixSNP芯片服务:犬、稻、生菜、胡椒、拟南芥、玫瑰、草莓、鳟鱼基于GeneTitan平台的Axiom基因分型芯片AffymetrixAxiom平台支持全基因组关联和候选基因关联相关研究。研究者将不再受困于固定内容的芯片,全新的基因分型平台采用酶介导、单碱基测序步骤来确保实验的低成本、分型结果的高重复性和流程的全自动化。该产品参照HapMap和千人基因组计划(1KGP)数据库设计探针,与GeneTitanTM配套使用。芯片推荐:Axiom®BiobankGenotypingArrays芯片介绍:能经济地对大样品集合进行基因分型,如生物样本库、基因组中心及核心实验室筛查的样品。芯片有目录版本和定制版本可供选择。 功能强大、适合主要人类族群的高覆盖度分析的全基因组关联研究(GWAS)分型模块; 适合外显子组分析Axiom®Exome外显子分型模块; 吸收、分布、代谢和排泄(absorption,distribution,metabolism,andexcretion,ADME)及其他临床相关的标记; 新发现的功能丧失变异,包括最近外显子组测序项目中发现的序列插入和缺失。 芯片推荐:Axiom®miRNATargetSiteGenotypingArrays芯片介绍:一款人类全基因组范围评估miRNA靶基因位点的高密度基因分型工具。该芯片可检测在miRNA级联放大反应中影响基因功能的238,000个SNP和插入缺失位点,包括miRNA、它们的mRNA靶基因位点以及沉默机制相关的位点。其中80%的位点是在其他相关基因分型芯片上所没有的。因此也可以用它来补充一些GWAS研究和基因调控相关的研究芯片推荐:Axiom®Genome-WidePopulation-OptimizedHumanArrays芯片介绍:最大限度覆盖不同人种的稀有和常见变异,关注与疾病密切相关以及功能相关的SNP,包含Axiom®中国人基因分型芯片(CHB1和CHB2)。芯片推荐:人Axiom®ExomeGenotypingArrays芯片介绍:最完整的外显子组基因分型芯片,可筛查功能变异,有助于更好的发现新的人类编码区SNP以及插入缺失。芯片推荐:牛Axiom®Genome-WideBOS1BovineArray芯片介绍:此款芯片是与牛基因分型领域的重要科学家合作开发的,实现了准确的遗传价值评估、全基因组关联研究(GWAS)、生物多样性和连锁不平衡(LD)研究。此芯片旨在最大限度提高Bostaurus和Bosindicus品种的遗传和物理SNP覆盖度。芯片超过640,000个SNP标记,代表了来自Affymetrix牛基因组数据库的大约300万个SNP的遗传多样性。芯片推荐:水牛Axiom®BuffaloGenotypingArray芯片介绍:Axiom®BuffaloGenotypingArray带来了多个物种和品系的水牛(Bubalusbubalisbubalis和Bubalusbubaliscarabanensis)中多态性SNP的最高全基因组范围覆盖,这些水牛是意大利、巴西和南亚最重要的肉牛和奶牛之一。此芯片是目前市场上唯一一款高密度的水牛基因分型工具,含有90,000个常见和稀有标记。。芯片推荐:鸡Axiom®Genome-WideChickenGenotypingArray芯片介绍:此芯片是第一款商业化的高密度鸡基因分型芯片。此芯片包含580,000常见和稀有的变异标记,这些标记存在于商业的蛋鸡和肉鸡以及非商业的远交群中。它适用于蛋鸡和肉鸡的基因组选择研究、全基因组关联研究、高分辨率遗传图谱、孟德尔性状作图及选择进化研究。芯片推荐:玉米Axiom®MaizeGenotypingArray芯片介绍:玉米是一个二倍体物种(n=10),其基因组大小为2.5Gb。不同品种的玉米基因组表现出重复DNA和高的基因组与结构多样性。玉米还表现出50-300bp的极低连锁不平衡(LD),从而需要非常高密度的芯片来研究单倍型结构和基因组多样性。AxiomMaizeGenotypingArray带来了极高密度的(600K)全基因组SNP覆盖。这些多态性SNP在285个硬粒型(Flint)和马齿型(Dent)玉米中检测到,代表了161个来自世界各地的不同品种。芯片推荐:三文鱼Axiom®SalmonGenotypingArray芯片介绍:此款芯片由Affymetrix联合苏格兰的科学家共同开发,包含130,000个SNP标记。芯片上的高密度标记确保了三文鱼基因组的广泛覆盖,又避免了重要区域的代表性不足。此芯片适用于三文鱼复杂性状研究、分子育种、选择进化研究。芯片推荐:大豆Axiom®SoybeanGenotypingArray芯片介绍:此款芯片也称为Axiom®SoyaSNP96-ArrayPlate,共包括180,961个标记,适用于对栽培和野生的大豆品种进行基因分型。它是全基因组关联研究和高密度遗传作图的理想选择,可确定野生及栽培大豆种质中的重要适应性基因。芯片推荐:小麦AxiomWheatHDGenotypingArray&Breeder’sGenotypingArray芯片介绍:小麦的基因分型芯片是通过Affymetrix专家设计项目与英国布里斯托大学合同设计的。芯片有两种:高密度(HD)的芯片包含817,000个SNP位点,而Breeder’s基因分型芯片包含35,000个SNP位点。这些芯片上的标记都可以在CerealsDB网站(http://www.cerealsdb.uk.net/)上查询。 SBC也可协助研究者根据实验需求,定制Axiom®myDesignGenotypingArrays。 服务相关(以AffymetrixSNP6.0芯片为例) 样品要求 1.样品纯度:OD260/280值应在1.7~2.0之间,A260/A230>1.5;RNA应该去除干净;不含有其它个体或其它物种的DNA污染。2.样品浓度:浓度不低于55ng/μl;3.样品总量:每个样品总量不少于2μg。4样品溶剂:溶解在ReducedTE(10mMTris,pH8,0,0.1mMEDTA)中。5.样品运输:DNA低温运输(-20℃);在运输过程中请用parafilm将管口密封好,以防出现污染;服务流程 数据分析
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