Sequenom公司DNA甲基化分析采用MassARRAYEpiTYPER流程，该过程结合碱基特异性酶切(分子切割)和MALDI-TOF检测原理，可实现多重CpG的分析检测，同时具有DNA甲基化定量分析能力。SequenomDNA甲基化检测由亚硫酸盐处理待测DNA开始，经过亚硫酸盐处理，DNA中未甲基化胞嘧啶(C)转变为尿嘧啶(U)，而甲基化修饰的胞嘧啶不受影响，因此亚硫酸盐处理将产生甲基化特异的序列变化。通过PCR扩增过程引入T7-启动子序列，经T7DNA聚合酶的体外转录过程得到各样本RNA产物，再经过碱基特异性酶切处理，得到RNA小片段，并用飞行质谱检测每个片段的分子量，最后EpiTYPER程序完成数据的自动化处理并报告每个检测片段的甲基化程度。技术特点1.高性能(1)能够分析覆盖长达500bp的多个CpG位点(2)无需任何荧光标记2.高灵敏度(1)检测低至5%的甲基化水平(2)分析需要的起始样本量少（<5pg）3.高性价比(1)用384孔板进行PCR反应(2)一个扩增产物可以进行多重CpG位点分析(3)无需后续验证，可直接发表结果4.操作简便(1)无需设计CpG位点特异性引物(2)无需进行PCR产物纯化(3)研究几个到几百个甲基化位点的理想手段

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