中心现位于苏州市吴中区吴中大道1336号，检测大楼占地19亩，建筑面积约12000平方米。实验室采用智能化管理，开发应用了实验室信息管理(LIMS)系统。中心于1959年10月成立，前身是“江苏省苏州专员公署卫生局药品检验所”，1963年移交给苏州市卫生局，定名为“苏州市卫生局药品检验所”，1969年机构撤销，1972年恢复苏州市药品检验所，1983年与苏州地区药品检验所合并，2000年搬入泰南路15号。2002年1月1日经费、行政管理正式划归原江苏省食品药品监督管理局管理，7月更名为江苏省苏州药品检验所。2010年归属原苏州市食品药品监督管理局，2010年10月正式更名为苏州市药品检验所。2013年2月更名为苏州市食品药品检验所。2016年3月更名为苏州市药品检验检测研究中心。2012年6月从泰南路15号搬迁至吴中大道1336号。2021年10月生物制品检测基地正式在苏州工业园区生物医药产业园挂牌启用，实验室面积1066平方米，主要承担生物制品等相关检验任务（微生物和动物实验除外）。中心内设化学药品室（抗生素室）、生物制品与生化药品室、中药与保健食品室、化妆品室、药理毒理室、微生物室、药品包装材料与药用辅料室、医疗器械与诊断试剂室等检验科室以及业务技术科、质量管理科、仪器与保障科、不良反应监测室、办公室（人事科）、财务科、信息科等行政职能科室。中心同时挂有“苏州市药品不良反应监测中心”牌子，承担全市药品不良反应监测的职责；同时也是苏州大学的科研工作站设站单位，以及苏州大学、中国药科大学等高校的实习基地。