作为推动新千年基础科学研究的重要战略步骤和作为知识创新工程中的一个试点，神经科学研究所致力于神经科学基础研究的各个领域，包括分子、细胞和发育神经生物学、系统和认知神经科学科学、以及脑疾病机理和诊治手段研发。研究所的宗旨是建立一个现代化研究所的机制，提供一个有助于严谨科研工作，高效科研产出，良性科研合作的环境，实现以业绩为准的激励和资助评估系统，以及为研究生和博士后提供高质量的专业训练。2014年起，脑智卓越中心是跨学科、跨院校的组织（见另一网站:www.cebs.ac.cn）,通过团队合作和学科交叉融合，解决在脑科学和类脑智能技术两个前沿领域的重大问题。　　神经科学研究所目前拥有50个研究组，每个研究组由不超过五名的工作人员与数目不等的研究生和博士后组成。许多研究组与国内外的同行有合作研究，长期合作者被聘为神经所的客座研究员。国家科技部、基金委等对研究所的资助，使研究所研究人员的经费和仪器设备已达到国际前沿机构的水平。由著名神经科学家组成的国际顾问委员会和评审委员会，定期为神经所的体制机制、科研工作提供建议，对提高研究所的整体科研水平起了积极的推动作用。