安徽省农业科学院棉花研究所主要从事棉花新品种选育、棉花栽培生理生态基础、植物营养与土壤肥料、综合栽培技术、病虫草害防控、棉花专用新型肥料、产业经济与信息化等研究工作。建有“国家棉花改良中心安庆分中心”、“棉花原原种扩繁基地”、“安徽省杂交棉工程技术研究中心”、“安徽省棉花专用新型肥料工程技术研究中心(合建)”、“国家品种区域试验站”、“院士工作站（共建）”等科研平台。我所顺利通过检验检测机构资质认定评审，获得安徽省质量技术监督局颁发的检验检测机构资质认定证书，检验检测能力范围包括4大类35个项目，已具备向社会出具具有证明作用的数据和结果的资质。